国宝　明治３７年９月２９日指定
　桁行五間、梁間五間、一重入り母屋造、向拝一間、本瓦葺の建物で、長保２年の草創以来、度々の再建をうけてきたが、現在の本堂は延慶４年（１３１１）の建立になるといわれる。
　天和３年（１６８３）の記のある「長保寺記録抜書」には「一、長保寺古書ニ云　長保寺棟上延喜四年辛亥五月五日　大願主僧承禅律師印玄并衆徒等僧浄明氏人等　大工藤原有次」と記されている。以後、近世まで数度の修繕があったと思われるが、記録を欠き、寛文６年に紀州徳川藩主頼宣公が帰依され、菩提寺となるまで何の資料も見られない。
　「当山諸堂絵図面」には「寛文七丁未年十一月徳川頼宣修繕之以来御一新迄徳川家ヨリ修覆仕候」とあるので藩主の保護を受けるようになった寛文頃までは、かなり建物の破損があったと思われる。この寛文の修理はどの程度であったか記録がなく、また大正９年の修理でかなり復原されたため大正の補足材も多く、詳しく知る事はできない。しかし、現在使用されている向拝頭貫は、その絵様、繰型よりもこの折のものと思われる。
　堂は方五間で、柱頭の粽及び組物の笹繰り、拳鼻など唐様の手法をとりながら、出入口の幣軸構え、連子窓、組入天井、吹寄せの菱格子、扠首組の妻飾りなどは和様の手法によっている。すなわち二つの様式を融和混合し、しかも独自の計画と好意匠に成功した例である。向拝の一部や、厨子の正面間口、小屋組等に後補がみられるが、その他はよく当初材を残している。
　県下の鎌倉時代遺構中、梅田の釈迦堂が純唐様であるのに対し、この堂は和様と唐様を折衷した様式を代表するものとして極めて重要な意義がある。なお内陣の須弥壇、厨子も本堂と同時のものである。
　昭和４７年の修理では、正面ほか側面、背面の棧唐戸を復旧したほか、内陣正面の鴨居位置を下げ、脇陣の間仕切を旧規に復し良好な姿となった。また、両側面の前から第２と第３の間に間仕切があったことが判ったが、後世の改修によるものである。
　昭和３６年９月の第２室戸台風では被害をうけ、西北隅部の補修を行っている。