長保寺は長保２年（1000）、一条天皇の勅願をうけて性空上人により創建されたと伝えられています。

　一条天皇には定子様と彰子様のお二人の皇后がありましたが、定子皇后のお付きの女官が「枕草子」を書いた清少納言、彰子皇后のお付きの女官が「源氏物語」を書いた紫式部です。ですから、これらの文学作品は一条天皇の長保時代の宮廷生活を題材にして描かれています。長保時代は、平安貴族社会が頂点に達した時代であるのです。
　また、長保寺が創建された長保２年に定子皇后がお亡くなりになっています。長保という年号を名乗る寺の建立は、一条天皇にとって特別の意味があったに違いありません。

　本堂（1311）、多宝塔（1357）、大門（1388）、鎮守堂（1295）といった主要なお堂は鎌倉時代に至り再建されたものです。　

長保寺は天台宗として創建されましたが、その後、法相、天台と変わり、現在あるお堂が再建されたころは真言宗のお寺でした。仁和寺から印玄という僧が来て本堂の再建を指導しています。

　寛文六年（1666）に紀州徳川家初代藩主頼宣により菩提寺に定められました。その時に、頼宣と天海僧正の約束により天台宗に改められました。
　江戸時代に、本堂背後の山の斜面に広大な藩主廟所が造営されました。「周囲が山に囲まれ要害堅固である」という頼宣の言葉が残されおり、万が一の時の陣地として利用することを考えていた様です。

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